Teknogirişim sermayesi desteği alan şirketin AR-GE projesinde çalışan ortaklarına yaptığı ücret ödemelerinde Gelir Vergisi ve Damga Vergisi

T.C. AFYONKARAHİSAR VALİLİĞİDefterdarlık (Gelir Müdürlüğü)  İlgide kayıtlı özelge talep formunuzun incelenmesinden, … Teknopark bünyesinde bulunan … vergi numaralı şirketinizin 4691 ve 5746 sayılı Kanunlara tabi olduğu, şirketinizin TÜBİTAK … programından "Teknogirişim Sermayesi Desteği" kazandığı, bu çerçevede TÜBİTAK'tan  alınacak olan hibelerin bir kısmının şirket ortakları olan … ve …'ye yapacakları Ar-Ge çalışmalarına karşılık olarak Ar-Ge personel ücreti olarak ödeneceği, şirketinizde 2 ortaktan başka çalışanın bulunmadığı, 2 ortağın TÜBİTAK'a sunulan iş paketlerinde tam zamanlı çalışan olarak belirtildiği, bu bağlamda TÜBİTAK'tan kazanılan hibenin belirtilen tutarlar doğrultusunda şirket ortaklarına ödenmesi durumunda gelir vergisi ve damga vergisi muafiyeti uygulanıp uygulanmayacağı konusunda görüş talep edildiği anlaşılmıştır.  GELİR VERGİSİ KANUNU YÖNÜNDEN: 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 61 inci maddesinde, "Ücret, işverene tabi ve belirli bir işyerine bağlı olarak çalışanlara hizmet karşılığı verilen para ve ayınlar ile sağlanan ve para ile temsil edilebilen menfaatlerdir. Ücretin ödenek, tazminat, kasa tazminatı (Mali sorumluluk tazminatı), tahsisat, zam, avans, aidat, huzur hakkı, prim, ikramiye, gider karşılığı veya başka adlar altında ödenmiş olması veya bir ortaklık münasebeti niteliğinde olmamak şartı ile kazancın belli bir yüzdesi şeklinde tayin edilmiş bulunması onun mahiyetini değiştirmez." hükmüne yer verilmiştir. Söz konusu Kanunun 94 üncü maddesinin birinci fıkrasında tevkifat yapacaklar sayılmış olup, aynı fıkranın (1) numaralı bendinde hizmet erbabına ödenen ücretler üzerinden 103 ve 104 üncü maddelere göre gelir vergisi tevkifatı yapılması gerektiği hükme bağlanmıştır. Aynı Kanunun geçici 75 inci maddesinde, "31/12/2023 tarihine kadar, 28/2/2008 tarihli ve 5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun 3 üncü maddesinin ikinci fıkrasında belirtilen Ar-Ge tasarım ve destek personelinin, bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretleri üzerinden asgari geçim indirimi uygulandıktan sonra hesaplanan gelir vergisinin; doktoralı olanlar ile 5746 sayılı Kanun kapsamındaki temel bilimler alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için yüzde 95'i, yüksek lisanslı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde lisans derecesine sahip olanlar için yüzde 90'ı ve diğerleri için yüzde 80'i verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edilir. Bu süre içerisinde, anılan maddenin bu maddeye aykırı olan hükmü uygulanmaz." hükmüne yer verilmiştir. 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun; - 2 nci maddesinde, "(1) Bu Kanunun uygulamasında; ...... f) Ar-Ge personeli: - 2 nci maddesinde, "(1) Bu Kanunun uygulamasında; ...... f) Ar-Ge personeli: Ar-Ge faaliyetlerinde doğrudan görevli araştırmacı ve teknisyenleri, g) Araştırmacı: Ar-Ge faaliyetleri ile yenilik tanımı kapsamındaki projelerde, yeni bilgi, ürün, süreç, yöntem ve sistemlerin tasarım veya oluşturulması ve ilgili projelerin yönetilmesi süreçlerinde yer alan en az lisans mezunu uzmanları, ğ) Teknisyen: Meslek lisesi veya meslek yüksekokullarının tasarım, teknik, fen veya sağlık bölümlerinden mezun, teknik bilgi ve deneyim sahibi kişileri, h) Destek personeli: Ar-Ge veya tasarım faaliyetlerine katılan veya bu faaliyetlerle doğrudan ilişkili yönetici, teknik eleman, laborant, sekreter, işçi ve benzeri personeli, ..... ifade eder." hükmüne, - "İndirim, istisna, destek ve teşvik unsurları" başlıklı 3 üncü maddesinin ikinci fıkrasında, "Kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme  projesi  anlaşmaları  kapsamında  uluslararası  kurumlardan  ya  da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personeli ile bu Kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde çalışan tasarım ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksan beşi, yüksek lisanslı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksanı ve diğerleri için yüzde sekseni gelir vergisinden müstesnadır. Hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri ile 17/3/1981 tarihli ve 2429 sayılı Ulusal Bayram ve Genel Tatiller Hakkında Kanunda belirtilen tatil günlerine isabet eden ücretler de bu istisna kapsamındadır. Haftalık kırk beş saatin üzerindeki ve ek çalışma sürelerine ilişkin ücretler bu istisnadan faydalanamaz. …" hükmüne, yer verilmiştir. 5746 sayılı Kanunda yer alan gelir vergisi stopajı teşviki uygulamasına ilişkin açıklamaların yer aldığı 1 Seri No.lu 5746 sayılı Kanun Genel Tebliğinin; - "3.1. Uygulama Esasları" başlıklı bölümünde, "...Gelir vergisi stopajı teşvikinin hesaplanmasında kapsama giren personelin fiilen Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ayırdıkları zamanın, toplam çalışma zamanına oranı esas alınacaktır. Kanun kapsamında faaliyette bulunan personelin, ay içindeki çalışmalarının tamamının Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olması halinde hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri de 50 (elli) tam zaman eşdeğerin hesabında bu kapsamda değerlendirilerek gelir vergisi stopajı teşviki uygulamasında dikkate alınacaktır. Ancak, bir günde 8, haftada 45 saatin üzerindeki çalışma süreleri ile ek çalışma süreleri 50 (elli) tam zaman eşdeğerin hesabında dikkate alınmaz.. Kısmî çalışma halinde ise, personelin Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ayırdığı zamanın toplam çalışma zamanına oranı dikkate alınmak suretiyle bulunan ücret tutarları Ar-Ge ve yenilik harcaması olarak dikkate alınacaktır. Kısmî çalışan personelin hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri dikkate alınmaz.." açıklamasına, - "4.1. Teşvik Uygulaması Dışında Kalan Ödemeler" başlıklı bölümünde, "5746 sayılı Kanunda belirtilen gelir vergisi stopajı teşvikinden kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personelinin yararlanacağı belirtilmiş olup, aşağıda belirtilen ödemeler nedeniyle gelir vergisi stopajı teşviki uygulamasından yararlanılamayacaktır. -Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamı dışındaki çalışmalara ait ücret ödemeleri, -Ar-Ge ve yenilik projelerinde görev alan ve/veya işletmelerde çalışan kamu personeline yapılan ücret ödemeleri, -Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında ay içinde kısmî zamanlı olarak çalışan personelin hak kazanılmış hafta tatili, yıllık ücretli izin ve mazeret izni gibi sürelere isabet eden ücret ödemeleri." açıklamasına yer verilmiştir. Diğer taraftan, 4691 Sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanununun; - 3 üncü maddesinde, "Bu Kanunun uygulanmasında; ..... m) AR-GE Personeli: AR-GE faaliyetlerinde doğrudan görevli araştırmacı, yazılımcı ve teknisyenleri, n) Araştırmacı: AR-GE faaliyetleri ile yenilik tanımı kapsamındaki projelerde, yeni bilgi, ürün, süreç, yöntem ve sistemlerin tasarım veya oluşturulması ve ilgili projelerin yönetilmesi süreçlerinde yer alan en az lisans mezunu uzmanları, o) Teknisyen: Meslek lisesi veya meslek yüksekokullarının tasarım, teknik, fen veya sağlık bölümlerinden mezun, teknik bilgi ve deneyim sahibi kişileri, p) Destek Personeli: AR-GE veya tasarım faaliyetlerine katılan veya bu faaliyet