Ar-Ge ve yenilik projeleri kapsamında düzenlenen kağıtlara ilişkin damga vergisi uygulaması hk.

T.C.GELİR İDARESİ BAŞKANLIĞI ANKARA VERGİ DAİRESİ BAŞKANLIĞI(Mükellef Hizmetleri KDV ve Diğer Vergiler Grup Müdürlüğü) Sayı:B.07.1.GİB.4.06.17.02-DMG-1640-31826/05/2011 Konu:Ar-Ge projeleri.              İlgide kayıtlı özelge talep formunun incelenmesinden, üniversiteniz bünyesinde kamu kurum ve kuruluşları ile TÜBİTAK tarafından desteklenen ve yürütülen Ar-Ge ve Yenilik projeleri ile Avrupa Birliği ve Uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerinin 5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun'da yer alan gelir vergisi stopajı teşviki, sigorta primi desteği ve damga vergisi istisnasından yararlanıp yararlanamayacağı hususlarında görüş talep edildiği anlaşılmıştır.             A) KURUMLAR VE GELİR VERGİSİ  YÖNÜNDEN             5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun'un 3 üncü maddesinde, "İndirim, İstisna, Destek ve Teşvik Unsurları" başlığı altında Ar-Ge indirimi, gelir vergisi stopajı teşviki, sigorta primi desteği, damga vergisi istisnası ve teknogirişim sermayesi desteği uygulamasına ilişkin hükümler yer almakta olup, anılan maddenin 2 numaralı fıkrasında;            "Gelir vergisi stopajı teşviki: Kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile (5904 sayılı Kanunun 28'inci maddesiyle değişen ibare. Yürürlük; 01.08.2009) kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge Projelerinin desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslar arası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar için yüzde doksanı, diğerleri için yüzde sekseni gelir vergisinden müstesnadır." hükmü yer almaktadır.            Anılan Kanunun "Uygulama ve denetim esasları" başlıklı 4 üncü maddesinde;            "(1) Bu Kanun kapsamındaki destek ve teşvik unsurlarından yararlananların bu Kanunda ön görülen şartları taşıdıklarına ilişkin tespitler en geç iki yıllık süreler itibarıyla yapılır.            (2) Bu Kanunun 3 üncü maddesinde belirtilen gelir vergisi stopajı ve sigorta primi işveren hissesine ilişkin teşviklerden yararlanacak olan destek personelinin tam zaman eşdeğeri sayısı, toplam tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının yüzde onunu geçemez. (3) Asgari Ar-Ge personeli sayısının hesabında fiilen ve tam zamanlı olarak çalışan personelin üçer aylık dönemler itibarıyla ortalaması esas alınır.             ..." hükümlerine yer verilmiştir.            Konuya ilişkin olarak yayımlanan "Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliği" nin "Gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması" başlıklı 10 uncu maddesinde;            "(1) Teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projeleri ile rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve toknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde çalışan Ar-Ge ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar için %90'ı, diğerleri için %80'i gelir vergisinden müstesnadır. Bu istisnanın hesaplanmasında, bu kapsamdaki personelin fiilen Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ayırdıkları zamanın toplam çalışma zamanına oranı dikkate alınır.            (2) Gelir vergisi istisnasından yararlanacak olan destek personelinin tam zaman eşdeğeri sayısı, toplam tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının %10'unu aşamaz. Küsuratlı sayılar tama iblağ edilir. Küsuratlı sayılar tama iblağ edilir. Destek personelinin toplam tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının %10'unu aşması halinde, brüt ücreti en az olan destek personelinin ücretinden başlamak üzere istisna uygulanır. Brüt ücretlerin aynı olması halinde, ücretine gelir vergisi istisnası uygulanacak destek personeli işverence  belirlenir.            (3) Birinci fıkra kapsamında belirtilen projelerde görev alan ve/veya işletmelerde çalışan kamu personeli belirtilen istisnadan yararlanamaz.            (4) Teşvik uygulamasında, istisna, Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında çalışmaya ilişkin ücret matrahına uygulanır ve sadece vergiye tabi ücret üzerinden tevkif edilen tutar muhtasar beyannameye yansıtılır. Muhtasar beyanname ekinde, istisnadan yararlandırılan ücretlilere ilişkin olarak içeriği Maliye Bakanlığınca belirlenecek olan bildirim işverenlerce doldurulur ve bağlı bulunan vergi dairesine verilir.             (5) Kanun kapsamında gelir vergisi istisnasından yararlanan personel için 29/1/2004 tarihli ve 5084 sayılı Yatırımların ve İstihdamın Teşviki ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılması Hakkında Kanunun aynı mahiyetteki hükümlerinden aynı vergilendirme dönemi içinde ayrıca yararlanılamaz. Ancak, Ar-Ge ve destek personeli dışında kalan personel  ile tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının %10'unu aşan tam zaman eşdeğer destek personeli için gerekli şartların taşınması halinde, 5084 sayılı Kanunda öngörülen destek ve teşvik unsurlarından yararlanılabilir." açıklamalarına yer verilmiştir.             Anılan yönetmeliğin "Ar-Ge ve yenilik projeleri" başlıklı 20 inci maddesinde de;             "(1) Ar-Ge ve yenilik projeleri, başvuru yapılan kamu kurumu ile kanunla kurulan vakıflar tarafından kendi mevzuatına göre değerlendirilir. Teknoloji merkezi işletmeleri ile Ar-Ge merkezlerinde yürütülen, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından desteklenen veya TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projeleri yeniden incelemeye tabi tutulmaksızın, Ar-Ge ve yenilik projelerine yönelik destek karar yazısının düzenlendiği veya proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla Kanunla sağlanan destek ve teşvik unsurlarından yararlanabilir.             (2) Birinci fıkraya girmeyen, Türkiye'nin antlaşmalarla taraf olduğu ikili ya da çok taraflı uluslararası Ar-Ge işbirliği programları fonlarından mali olarak desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerini yürüten işletmeler de Kanun kapsamındaki destek ve teşviklerden söz konusu proje kapsamında ve proje destek süresince yararlanırlar. Uluslararası Ar-Ge işbirliği programlarınca desteklenen Ar-Ge projelerinin Kanunla sağlanan destek ve teşvik unsurlarından yararlanabilmesi için uluslararası programa yapılan proje başvurusu, başvurulan programa ait bilgiler, destek yazısı veya sözleşmesi ve teşvikten yararlanacak işletmenin projedeki katkısını içeren bilgilerle birlikte TÜBİTAK'ın incelemesine sunulur.            (3) İkinci fıkra kapsamında destek ve teşviklerden yararlanacak işletmeler, TÜBİTAK'ın onay yazısının düzenlendiği tarih itibarıyla Kanunla sağlanan destek ve teşviklerden yararlanırlar." açıklamalarına yer verilmiştir.             1 Seri No.lu 5746 sayılı Kanun Genel Tebliğinin "3.2 Uygulamanın Başlangıcı" başlıklı bölümünde ise, "Gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması 1/4/2008 tarihinden itibaren yürürlüğe girmiştir. Teşvik uygulamasından bu Kanun uyarınca yayımlanan "Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliği"nde yer alan usul ve esaslar çerçevesinde yararlanılacaktır.            Bu nedenle anılan yönetmelikte yer alan hükümler çerçevesinde; Bu nedenle anılan yönetmelikte yer alan hükümler çerçevesinde;            -Ar-Ge merkezlerinde, Ar-Ge merkezi belgesinin düzenlendiği,             -Rekabet öncesi işbirliği projelerinde, proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği,             -Teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge ve yenilik projesinin onaylandığı,                    -Teknogirişim sermaye desteklerinde, kamu idaresi tarafından iş planının onaylandığı,            -Kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürüt